Au départ, Mercuria se spécialise dans quatre domaines : les logiciels de trésorerie, de gestion des immobilisations, de liasse fiscale et de reporting. "Nous cherchions à apporter une réponse globale en gestion financière" se souvient Eric Affaticati, dirigeant de Mercuria. C'est dans cette perspective que l'entreprise nantaise avance, élargit ses équipes et étend la gamme de logiciels en proposant de nouvelles compétences en comptabilité. Elle intègre Totem en 2002, puis signe son premier dossier sous Sage 1000 en 2004.
À partir de 2007, l'entreprise ajoute une nouvelle brique à son offre en intégrant la dématérialisation de factures, en partenariat avec Basware puis avec ELO Digital Office. À l'occasion de différents rachats, dont celui de Cetori à Tours, elle ajoute les logiciels liés à la paie à son offre grâce à Sage et plus récemment les solutions RH de Lucca.
Les équipes d'experts de Mercuria se spécialisent ensuite par métier et détiennent toutes des certifications délivrées par les partenaires éditeurs. L'entreprise s'appuie sur des relations fortes et durables avec des éditeurs particulièrement reconnus dans leur domaine d'expertise. Forte de cet écosystème, Mercuria comptabilise plus de 850 clients. En 2018, la société étend sa présence à l'ensemble du territoire français en ouvrant deux nouvelles agences à Rouen et Paris, où 26 Mercuriens répondent au besoin de ces régions. À cela s'ajoute un bureau de représentation dans la ville de Caen.